Some are obvious such as NATO było, ZUS był, etc. but PZPR (partia) has become a masculine acronym in oblique cases (należał do PZPR-u) but what about the nominative: PZPR zrzeszała, zrzeszało, zarzeszał 3 mln członków? Zapisał się do PiSu (PiS-u?), ale PiS głosowała, głosowało, głosował przeciwko ustawie. Ona pracuje w PZU, but what about: PZU ma zostać sprywatyzowany, sprywatyzowane?
"PZU" stand for "Państwowy Zakład Ubezpieczeń" and verbs should be ruled by the main word of this abbreviation which is "zakład": "zakład kupił" and "PZU kupił".
"PZPR" stands for "Polska Zjednoczona Partia Robotnicza". The main word here is "partia", so we have "partia była" and "PZPR była".
Sometimes there is no evident main word, e.g. "PiS" (I would not say "PiS głosowały" just because there are two main words and verb should be plural) or "NATO" (here I do not know how to match an english noun with polish verb). But you can help yourself by adding such a word and say "partia PiS głosowała" or "pakt/sojusz NATO ogłosił". You can be sure then that you will not make a mistake.
What Pio wrote it right, but in coloquial language we tend to use the gender according to how the abbreviations sound (not to what they actually mean). So it is common to hear phrases like: PiS był, PZPR był, PKO było, PZU było, NATO było etc.
Just think of these abreviations as a real noun, eg. "pezetpeer" would be masculine, and so can be PZPR. So, PZU can be either masculine or neuter, as is noted by A. Markowski in "Poradnik prof. Markowskiego. Język polski"